Die älteste heute noch existierende Sushiart in Japan ist Funa-Sushi. Bereits vor mehr als tausend Jahren wurde die Zubereitung von in Reis konserviertem Fisch beschrieben, der erst nach einer Gärungszeit verzehrt wurde. Dies ist allerdings nicht der Ursprung. Entgegen der allgemeinen Ansicht kommen Sushi nicht aus Japan. Ein schriftliches Zeugnis findet man bereits im 2. Jahrhundert n.Chr. aus China. Zu dieser Zeit waren Sushi aber eher als gepökelter Fisch anzusehen und wurden als Alternative zu Fleisch verwendet, dessen Verzehr durch den Buddhismus im Jahr 676 vom Kaiser Temmu verboten wurde. Aus dieser religiösen Vorschrift entwickelten die Mönche die raffinierte Kochkunst der Sushi. Dabei hatte der Reis zunächst nur die Aufgabe, den Gärungsprozeß in Gang zu bringen. Man aß ausschließlich den Fisch, der Reis wurde nicht verzehrt. So kommt es auch, dass alle heutigen Methoden der Sushi-Bereitung darauf basieren, dass der Reis in irgendeiner Form gepresst wird.

Doch auch China scheint nicht das Ursprungsland zu sein. In verschiedenen Quellen ist ganz allgemein Südostasien genannt. Hier sollen Bewohner der Gebirgsgegenden ihren Fisch auf ähnliche Weise haltbar gemacht haben. Aber auch am Fuße des Himalaja gab es Zubereitungstechniken, die dem japanische Funa-Sushi entsprechen. Je größer insbesondere in China die Probleme mit der Nahrungsknappheit wurden, desto mehr ging diese Konservierungsart und damit auch die Sushizubereitung zurück.

In Japan dagegegen entwickelte sich die Zubereitungstechnik weiter. Bei der alten Art des Funa-Sushi wurde der Fisch, der im allgemeinen eine recht kurze Verfallszeit hat, in Salz eingelegt, mit einem Stein beschwert und so in einer fermentierte Form haltbar gemacht. Das Gewicht ermöglicht den Fisch luftdicht abzuschließen und einen Prozeß der Gärung zu erzeugen. Funa-Sushi als Vertreter der Nare-Sushi gehört zu den ältesten Arten. Die Gärungszeiten sollen zwischen einem und drei Jahren gelegen haben.

Im 15. Jahrhundert setzte man Pökelbehälter aus Holz ein und gab Reis dazu, um den Gärungsprozeß zu beschleunigen. Bei diesem Nama-Nari-Sushi war die Gärungszeit bereits auf einen Monat reduziert, so daß der Fisch zwar noch roh war, aber bereits den Geschmack der Gärung angenommen hatte. Man aß sowohl den Fisch als auch den Reis, der einen leichten säuerlichen Geschmack angenommen hatte.

Mitte des 17. Jahrhunderts entdeckte wahrscheinlich der Arzt Matsumoto Yoshiichi, dass die Gärungszeit auf einen halben Tag zu verkürzen ist, wenn der Reis mit Essig vermischt wird. Hierdurch entstanden die Haya-Sushi, die die Grundlage viele moderner Sushivariationen sind. Ursprünglich wurden dabei aus angesäuertem Reis hergestellte Bällchen mit gesalzenem Fisch belegt und in einem Holzkasten mit einem Steingewicht beschwert. So blieb der Fisch zart und der Reis wurde schmackhafter.

Die Nori-Maki-Sushi gibt es bereits seit Ende des 18. Jahrhunderts. Man benutzte zum Formen ebenso wie heute bereits eine Bambus-Rollmatte. Gleiches gilt für das in Kyoto typische Sabo-Sushi. Hier wurden mit Salz und Essig marinierte und in Reis gehüllte Makrelenfiletscheiben entweder mit den Händen oder mit der Bambus-Rollmatte geformt. Die wichtigste Sushiform ist das Nigiri-Sushi, das "handgeformte Sushi". Es wurde im frühen 19. Jahrhundert in Edo (dem heutigen Tokio) entwickelt.

Nicht genau bekannt ist die Entstehung des Nigiri-Sushi, allerdings liegt sie nicht länger als 160 bis 170 Jahre zurück und war wahrscheinlich ursprünglich eine Speise der ärmeren Bevölkerungsschichten. In Überlieferungen ist der Fischhändler Yohei Hanaya (1799-1858) als Erfinder der Nigiri-Sushi genannt. Er war der erste Besitzer des Geschäftes Yohei-Sushi in Ryogoku, einem Stadtteil von Edo und bot rohes Fischfilet auf leicht gesäuertem Reis als handliche Häppchen an. Einige historische Dokumente datieren den Ursprung allerdings bereits früher. Das bis in Jahr 1930 existierende Geschäft war aber zweifelsohne eines der ältesten, das Nigiri-Sushi verkaufte.

In ganz Japan wurden Nigiri-Sushi nach dem 2. Weltkrieg sehr populär. Zu dieser Zeit trat auch die Bezeichnung Edomae-Sushi wieder auf, die auch heute noch verwendet wird.

Edomae nannte man im frühen 17. Jahrhundert einen bestimmten Fischgrund der Bucht von Tokio, der reich an besonders hochwertigen Fischen und Schaltentieren war. Diese Bucht erstreckte sich von Tokio bis zu der Edo-Burg, also dem heutigen Kaiserpalast. Edomae-Sushi bezeichnete also eine besondere Sushi-Qualität. Mittlerweile sind in diesem Fanggrund allerdings keine hochwertigen Fische mehr zu finden und die Gastronomie ist auf eine große Fangflotte angewiesen, die den Bedarf an hochwertiger Ware aus allen Weltmeeren deckt. Heute wird der Begriff wieder verwendet, ohne allerdings den ursprünglichen Qualitätssinn zu haben.

Nicht nur das Formen der Sushi erfordert handwerkliches Geschick, sondern auch das Arrangieren nach farblichen und geschmacklichen Gesichtspunkten wird als hohe Kunst angesehen. In Japan werden Sushi ausschließlich von Männern hergestellt, weil angeblich nur die kühleren Männerhände die richtige Temperatur für die Gestaltung des klebrigen Reises haben. Ein traditioneller japanischer Sushi-Koch muß mindestens eine fünfjährige Lehre absolvieren. Ein Fugu-Koch hat sogar eine Lehrzeit von 10 Jahren, um den giftigen Fugu-Fisch zubereiten zu dürfen. Dabei besteht die Kunst nicht darin, die giftigen Bestandteile herauszuschneiden, sondern eine sehr geringe Menge des Giftes in das Filet zu lassen, so daß beim Essen die Zungenspitze ein wenig betäubt wird.